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微生物菌剂是生物活性肥料，施用方法比化肥、有机肥严格，有特别的施用要求，任何一种类型的微生物菌剂，都有其适用的作物种类、土壤条件、耕作方式、施用方法、施用量等，严格根据说明书来使用，才能获得好的增产效果。施用微生物菌剂时应注意以下几点：
第一点：微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，施入到土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般大约15天后就能发挥作用，见到效果，而且长期均衡地供给作物营养。
第二点：微生物菌剂适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
第三点：微生物菌剂应避免高温干旱条件下使用。施用微生物菌剂时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。要结合盖土浇水等措施，避免微生物菌剂受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
第四点：微生物菌剂不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促进生物菌活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的生长繁殖，微生物菌剂适合的土壤含水量为50%～70%。
第五点：微生物菌剂可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但微生物菌剂应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。
第六点：微生物菌剂应避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物菌剂。
第七点：微生物菌剂不宜久放，拆包后要及时施用，一次用完，包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
