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土壤是作物施肥的载体，其物理、化学、生物及其水分、温度、养分、空气因素的变化直接影响土壤肥力。土壤肥力是综合各种因素的表现，其养分的形态主要为有机态和矿物态；土壤的酸碱性影响土壤养分的有效性；土壤的吸附性、通透性、缓冲性及其有机质含量高低也是影响土壤肥力的重要因素。因为土壤环境的改变，作物生长产生不同的病虫害的因素主要有以下原因：
因为人们大量施用化学肥料，使土壤盐渍化或酸化不断加重，土壤的PH值（酸碱度）失衡，造成了土壤板结；加之连年的耕作种植使土壤有机质含量降低，特别是滥施重金属含量超标的有机肥造成了土壤的污染和不同程度的退化，由此产生了农作物病虫害等耕种难题。
一些有害生物和微生物的生长繁殖，也不同程度导致作物产生病变。如：根结线虫、白粉病、疫病、褐斑病、病毒病和烟粉虱、蚜虫、豆野螟等。由于土壤的退化，土壤中生物菌群失去平衡，有益生物菌群本身的缺乏和减少，使土壤生态环境恶化，生物菌对土壤的理化性质调节达不到作物生长需求的生态环境条件，特别是重金属和污染源的存在，将引发些真菌性病害、细菌性病害、病毒性病害和线虫病害等病理性的病害出现。常见的有霜霉病、根结线虫，还有能引发根部形成根肿病变的根肿菌属和粉痂菌属等。
土壤微生物是土壤生态系统重要的组分之一，土壤微生物是使土壤具有生命力的主要成分，在土壤的形成和发育、物质转化与能量传递过程中发挥着重要作用，在动植物残体分解、有机质的矿化、腐殖质和团聚体的形成以及维持土壤生态平衡中起着不可替代的作用；在保持土壤肥力、防控土传病害、促进农业增产和保障产品质量发挥着重要作用；在土壤修复、降解有毒有害物质及水体治理及固废处理方面起到关键作用。
