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在寒冷的冬季，使用微生物菌剂可以活化在土壤中被固定的营养元素，促进根系的生长。但是这个要根据不同的土壤的环境情况来确定，否则很可能施用了菌剂却得不到效果。
一是土壤温度
微生物菌剂中的生物菌一般在土壤温度18～25℃时生命活动最活跃，15℃以下时开始降低生命活动，10℃以下时活动能力非常弱，更严重会处于休眠状态。因此，冬季大棚施用微生物菌剂后，要注意控制好土壤温度。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
二是土壤湿度
土壤含水量过大或缺乏都会影响微生物菌剂的施用效果。因为微生物菌剂内的生物菌大部分喜欢氧气，它在土壤稍干或稍湿时生命力才活跃。所以，施用微生物菌剂后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后最好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于微生物菌剂发挥效果。
三是土壤酸碱度
土壤偏酸或偏碱都不利于微生物菌剂的生长繁殖。土壤pH值在6.5～7.5之间时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，保证生物菌大量繁殖。
另外，在施用微生物菌剂后，还要注意增加土壤有机质，也就是增施生物有机肥。因为微生物菌剂在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出效果来。微生物菌剂的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分来的。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥。